Nieco inne od pozostałych warowni są dzieje Wawelu. Wzgórze leżące na lewym brzegu Wisły otaczały niegdyś mokradła i łąki, co utrudniało dostęp do grodu, który od roku 1320 był siedzibą króla w stolicy Polski.
Pierwsze ślady pobytu człowieka na wzgórzu związane są z paleolitem. Wzgórze zostało otoczone fortyfikacjami prawdopodobnie już w okresie kultury łużyckiej. Od VII w. Wawel był zamieszkany przez ludność pochodzenia słowiańskiego, zasiedlającą tereny położone nad górną Wisłą. W IX wieku całe wzgórze otaczał wał drewniano-ziemny, szerokości kilkunastu metrów u podstawy. Drewniane izbice tego obwarowania wypełnione były gliną, piaskiem i kamieniami. Podgrodzie otaczała palisada. Gród uległ zniszczeniu w X w. Spaliła się wtedy znaczna część drewnianej konstrukcji wałowej. Nowe obwałowania z ziemi, drewna i kamienia, zabezpieczające odbudowany gród książęcy, datowane są na wiek XI. W końcu X i w XI wieku powstawały w ich obrębie pierwsze budowle sakralne. Gród zniszczyli Tatarzy w połowie XIII w. Nowe fortyfikacje otoczyły wzgórze. Był to drewniano - ziemny wał z umocnieniami murowanymi. Pożar na początku XIV w. przyczynił się do przebudowy Wawelu. W XIV i XV w. na zarysie fortyfikacji drewniano-ziemnych powstawały fortyfikacje murowane. Wzniesiono nową siedzibę królewską z murowanymi wieżami mieszkalnymi Na romańskiej podwalinie król Władysław Łokietek rozpoczął budowę gotyckiej katedry. Wawel jako siedziba królewska był stale rozbudowywany. Na początku XVI w. przebudowano średniowieczny zamek na renesansową rezydencję królewską z arkadowym dziedzińcem.

W 1611 r. Zygmunt III Waza przeniósł stolicę Polski do Warszawy. Wawel pozostał miejscem koronacji królów polskich, a katedra wawelska miejscem ich wiecznego spoczynku. Pieczę nad całym Wawelem przejłą rezydujący tu biskup krakowski.
Podczas najazdu szwedzkiego w 1655 r. Kraków został zmuszony do kapitulacji. Zamek i katedra zostały doszczętnie obrabowane. Ocalał jedynie, wywieziony w tajemnicy do Lubowli na Spiszu, skarb koronny. Na pocz. XVIII w. czasie kolejnej napaści na Polskę, Szwedzi ponownie obrabowali Wawel, podpalając przy tym zamek królewski. Kolejnych rabunków i dewastacji dokonali zaborcy pruscy i austriaccy. Król pruski Fryderyk II kazał przewieść do Berlina polskie insygnia koronacyjne (6 złotych koron z perłami i szlachetnymi kamieniami, cztery berła, cztery jabłka, miecze i relikwiarze) i przetopić je na złote monety. Kamienie szlachetne i perły sprzedano. Austriacy rozbudowali na Wawelu fortyfikacje i ulokowali tu koszary wojskowe i szpital.
Kolejnego rabunku dokonano w czasie II wojny światowej. Na szczęście po 1945 r. większość przedmiotów powróciła na Wawel.